主要是维持食用菌菇体最低生命活动的保藏方法。任何有生命的生物体都具有天然的免疫性，以抵御外界微生物的入侵。采收后的新鲜食用菌菇体仍然进行着生命活动，生命活动越旺盛，菇体内储存物质的分解速度就越快，储存量急剧减少，组织结构也就随之瓦解或解体，不易久藏。若在低温下（0～5℃）储藏，就能抑制食用菌菇体的呼吸作用和酶的活力，并延缓储存物质的分解；若保持恒湿条件，就能减少食用菌菇体水分的蒸发。因此，通过控制食用菌菇体储藏环境的温度、相对湿度及气体组成等，就可以使食用菌菇体的新陈代谢活动维持在最低的水平上，能在较长时间内保持它的天然免疫性，抵御微生物的入侵，延缓腐败变质，从而延长其保存期。
食用菌的食用性在于它有新鲜的风味和特殊的口感，保鲜技术则是在食用菌贮藏时间以内最大限度地保持这种风味与口感不变所采取的一切技术措施。 其主要途径有防止水分散失、控制呼吸强度、遏制褐变发生、预防微生物和害虫侵染等。其中关键是要想方设法控制菇体的代谢活动，使代谢处于比较低的水平而又不丧失生命活动，这样才有利于菇体保持新鲜不衰。但是，保鲜措施不能使菇体完全停止所有代谢，所以保鲜措施只能延长贮藏期，而不能无限期地将菇体永远保存下来。食用菌的保鲜方法很多，主要有鲜贮、冷藏、气调贮藏、真空减压贮藏、辐射贮藏、薄膜包装贮藏和化学贮藏等方法。
1、鲜贮。采收后的鲜菇经整理后立即放入干净的竹篮、竹筐或木桶等容器中，上用多层湿纱布或塑料薄膜覆盖，置阴凉处。鲜菇在室温下贮藏的时间受温度和空气湿度影响较大。若室温为3～5℃，空气相对湿度为80%左右，鲜菇可贮藏7天；另外，也可将菇体压于冷水水面以下，但所用水必须卫生，水中的含铁量应低于2毫克/升，这样菇体不仅不会变黑，而且还可延长保藏期。
2、冷藏。冷藏是指用接近于０℃或稍高几度的温度贮藏食用菌的一种方式。低温使得菇体内各种酶活性减小，呼吸作用减弱，因而减缓了基质的失水失重以及褐变的发生，利于食用菌的保鲜。不同菇类对温度的要求也不同，一般都有一个最低限度，超过这个限度会引起代谢反常，减弱对不良环境的抗性。如草菇的最适保藏温度为0～2℃(可贮14天)，4～6℃下很快液化，10～15℃能贮2～3天，30℃只能贮存24小时。双孢蘑菇0℃下可贮存35天，5℃下可贮存28天，15℃时只能贮存12天。注意：食用菌的冷藏室内不能同时放置水果，因为水果可产生乙烯等还原性物质，使双孢蘑菇、金针菇、香菇、猴头等食用菌很快变色。
3、气调贮藏。该方法是通过人工控制环境的气体成分以及温度、湿度等因素，达到安全保鲜的目的。一般是降低空气中氧的浓度，提高二氧化碳的浓度，再以低温贮藏来控制菌体的生命活动。 适当降低环境中氧气的浓度，增加二氧化碳的浓度，不仅可以抑制呼吸作用，还可延缓菇体开伞和影响菇体中多酚氧化酶的活性。所以气调贮藏是现代较为先进的保藏技术。
不同种类的食用菌对环境中气体的成分要求不同。例如，香菇要求环境中氧的浓度为1%～2%、二氧化碳的浓度为40%、氮的浓度为58%～59%(在20℃下可保藏8天)；双孢蘑菇要求氧的浓度为1%～4%、二氧化碳的浓度为10%～15%，或者氧的浓度为0.1%、二氧化碳的浓度为5%，或氧的浓度为10%～20%、二氧化碳的浓度为50%；松口蘑要求环境中氧的浓度在10%以下、氮的浓度为90%(在2～9℃时可贮藏4天)；平菇在低温下可耐25%的二氧化碳。
4、真空减压保鲜：真空减压保鲜法是基于气调保鲜基础上开发出的新型保鲜技术，是把菇体贮藏场所或贮藏容器内的气压降低，造成一定的真空度(绝对压力为39～3923Pa)的保鲜方法。其原理是：在真空下，容器内氧气分压很低，抑制了菇体的呼吸作用，同时也促进了由菇体生命活动所产生的有害气体如乙烯、乙醛等向环境里的扩散速度，减轻了菇体自身的生理中毒。减压法不但可以延长新鲜食用菌的贮藏期，而且还有保持菇体色泽、防止组织软化的效果。真空减压保鲜法是当代更为先进有效的保鲜技术
5、薄膜包装贮藏：这是气调贮藏的一种方式。该方法在贮藏过程中氧和二氧化碳的浓度变化不确定，因而多用于短期贮藏、运输以及作为鲜销的一种临时性贮藏方式。薄膜包装可减少菇体中水分蒸发，保护产品免受机械损伤，另外，包装材料来源广，保存费用低，而且既卫生又美观，是鲜销包装贮藏的良好方法。
6、辐射贮藏：辐射贮藏是食用菌贮藏的新技术，与其他保藏方法相比有许多优越性。如，无化学残留物，能较好地保持菇体原有的新鲜状态，而且节约能源，加工效率高，可以连续作业，易于自动化生产等优点。辐射作用对食用菌的影响有以下几点：(1)抑制呼吸：据报道，用2.5～10戈瑞剂量处理新鲜菇体，对其呼吸作用有显著抑制作用。(2)抑制开伞：在一定剂量范围内，抑制开伞的效果与辐射剂量成正比。(3)延缓变色过程：新鲜菇体颜色变深同多酚氧化酶、自溶酶活性增强有关。用10～30戈瑞处理后，酶活性受到抑制，延缓了菇体变色过程。(4)杀死或抑制腐败性微生物、病原微生物活动：试验表明，用10戈瑞剂量辐射可抑制疣孢霉等杂菌生长。
7、化学贮藏。可以用于贮藏食用菌的化学药品最主要的有0.1%的焦亚硫酸钠，0.6%的氯化钠，4毫克/升的三十烷醇，20毫克/升的矮壮素，50毫克/升的青鲜素，50毫克/升乙烯利，0.05%水杨酸，0.05%高锰酸钾和0.1%草酸混合液，0.05%高锰酸钾和0.1%亚硫酸钠混合液等。具体做法：将采摘的鲜菇进行修整后，放入上述药液中浸渍l～5分，捞出，吸干表面的水分，装入0.03毫米厚的聚乙烯薄膜袋中，扎紧贮藏。
